På 1800-tallet endret bygningen funksjon totalt. Østerrikerne, som var stasjonert i Krakow på den tiden, etablerte et fengsel her. Paradoksalt nok arvet stedet navnet på klosteret og ble kjent som St. Michaels fengsel. Det ble lagt ned etter andre verdenskrig, og det arkeologiske museet ble etablert her. Den mest kjente attraksjonen er statuen av Światowid – en hedensk gud med fire ansikter fra det 9. og 10. århundre, som ble oppdaget i 1848 i Zbrucz. Musuem har også 2 ekstra filialer: Den ene er St. Wojciech-kirken som ligger på Krakows hovedtorg. I kjelleren til kirken har det arkeologiske museet i Krakow utarbeidet en utstilling som har som mål å presentere historien til hovedtorget, kirken St. Wojciech og tempelets beskytter - Saint. Wojciech. Utstillingen lar besøkende se blant annet: spor av tregulv og steingulv inne i kirken og romanske vegger laget av knuste steiner og kalksteinskuber. Andre gren er i Nowa Huta-Branice. Fra begynnelsen av sin eksistens har filialen til det arkeologiske museet i Krakow vært uløselig knyttet til Nowa Huta-distriktet og det metallurgiske anlegget. Tallrike arkeologiske funn ble gjort allerede i 1949, da de første byggearbeidene startet.