På 1800-tallet forandret denne bygningen helt sin funksjon. Østerrikerne, som var stasjonert i Krakow på den tiden, etablerte et fengsel her. Paradoksalt nok arvet stedet navnet sitt fra klosteret og fengselet ble kjent som St. Michael. Det ble lagt ned etter andre verdenskrig og det arkeologiske museet ble etablert her. Den mest kjente attraksjonen er statuen av Swiatowid – en hedensk gud med fire ansikter fra det 800- og 900-tallet, som ble oppdaget i 1848 i Zbrucz.